El objeto principal de Fundaper es el apoyo a pacientes con enfermedades raras y ultra raras, ofreciendo a los mismos, a sus familiares y/o cuidadores, soporte en las dificultades que se presenten en el acceso a los servicios de salud, en búsqueda de una atención integral de la patología, garantizando la protección, asistencia y promoción de los derechos y deberes que tienen estas personas como sujetos de especial protección constitucional.